פעמים רבות המתנדבים, השרויים תחת לחץ העשייה, אינם מוצאים פנאי לעצור ולהרהר במשמעות ההתנדבות: בקשר בין מעשיהם לבין זהותם האישית, היהודית והחברתית, בקשר בין פעולתם לבין זהותה של האוכלוסייה שבקרבה הם פועלים, וביחס בין המקרים המסוימים שעמם הם מתמודדים בשנת השירות לבין הבעיות המבניות והכלל-מערכתיות של החברה הישראלית.
העיקרון "סוף מעשה במחשבה תחילה" שמקורו בספר הקבלה בן המאה ה 13-14- 'מערכת האלוהות' ושהתגלגל אחר כך אל פיוטו של רבי שלמה אלקבץ, שחי בצפת במאה ה 16- , הוא שהנחה אותנו בכתיבת תכנית זו, המופנית במיוחד לשי"ן-שי"נים (מתדבים בשנת שירות). התוכנית נועדה לחולל תהליך אישי וקבוצתי משמעותי באמצעות לימוד של מבחר מקורות יהודיים העוסקים בנושאים חברתיים, הנוגעים בזהותם של המשתתפים ובאתגרים הרבים המתעוררים במהלך שנת השירות, תוך יצירת שפה קבוצתית משותפת.
באמצעות המחשבה והרגש שהתכנית חושפת ומעוררת תוך כדי העבודה, עשויה עבודת הש"שים להעמיק וליצור שינוי שהשלכותיו רחוקות טווח. הלימוד המתרחש לצד העשייה יוצר תהליך פנימי - הוא מחזק את תחושת השייכות למורשת היהודית; והוא מניע גם תהליך חיצוני ומעשי - הוא משנה את היחס כלפי תושבי השכונה ומעמיק את הבנת סגנון החיים של התושבים, ערכיהם והקשיים שאִתם הם מתמודדים. בפני הש"שים תיפתח האפשרות להביע את רגשותיהם ומחשבותיהם כלפי המציאות החברתית האופפת אותם מתוך עולם המושגים והרעיונות היהודי.
בית המדרש החברתי בשירות הקהילה - 'במחשבה' - אינו מתיימר להחליף את מערכות ההכשרה או הליווי הקיימות בתנועות ובארגונים, המסדירות את פעילות מתנדבי שנת השירות; הוא משתלב בכל אחת מן התנועות ומותאם אליה.
במסגרת תכנית בית המדרש החברתי יתקיימו חמישה עשר מפגשי לימוד, בני שעה וחצי כל אחד, במסגרת הקבוצה האורגנית ובבית (ב'קומונה') שבו הם גרים.